Всегда перед обновлением делайте резервную копию вашего рабочего сайта.
Еще лучше проверить процедуру обновления на копии сайта, чтобы точно удостовериться, что все нормально.

1. Рекомендуем сразу переименовать название вашей текущей темы на свое, чтобы файлы вашей темы вообще не затрагивались при обновлении. Для этого нужно выполнить следующие действия:

  1. Скопируйте файлы темы themes/тема_по-умолчанию/* в новую директорию с другим именем. Например theme/vashatema/ 
    Обратите внимание, тема по-умолчанию во всех сборках называется по-разному: bootlance - фриланс-биржа, tiuportal - площадка товаров и услуг.
  2. Переименуйте файлы начинающиеся на bootlance.*.php на ваше.
    Например:

    bootlance.php => vashatema.php
    bootlalce.rc.php => vashatema.rc.php
    bootlance.resources.php => vashatema.resources.php
    bootlance.ru.lang.php => vashatema.ru.lang.php
    bootlance.en.lang.php => vashatema.en.lang.php
     
  3. Откройте файл vashatema.php и измените строчку Name=bootlance на название вашей темы: Name=vashatema
  4. Теперь необходимо установить новую тему по-умолчанию. Для этого откройте файл datas/config.php и измените параметр:
    $cfg['defaulttheme'] = 'vashatema';
  5. Чтобы новая тема была установлена для всех пользователей принудительно, необходимо зайти в админ-панель => Конфигурация => Темы, и установить параметр "Принудительная установка темы по умолчанию для всех пользователей".

2. Если в рабочей версии вашего сайта вносились изменения в шаблоны (файлы *.tpl), то рекомендуется скопировать их в вашу тему themes/vashatema/

3. Если вы самостоятельно вносили изменения в какие-либо файлы входящие в исходники, то учитывайте это при обновлении. Так как скорее всего ваши изменения могут пропасть путем замены файлов из исходников.

4. Распакуйте все файлы из архива поверх файлов вашего сайта, учитывая вышесказанное.

5. Большинство обновлений в последних версиях Cotonti полность автоматизированы. Для этого после замены файлов из исходников запустите скрипт установки: http://vashsite.com/install.php и дождитесь полной загрузки страницы.

Если вы не нашли ответа на свой вопрос, то можете задать его на форуме.